Ces variations infimes concernent le remplacement d’un seul élément constitutif de l’ADN (nucléotide). Bien que la plupart des SNP n’aient pas d’influence directe sur la santé, certains sont déterminants pour prédire la réponse aux médicaments, la sensibilité aux facteurs environnementaux et l’évaluation du risque de maladie.
L’apolipoprotéine E (Apo-E) est une protéine essentielle au métabolisme des lipides, et l’analyse des SNP de l’APOE revêt une importance cruciale en raison du rôle central qu’elle joue dans le risque de maladie d’Alzheimer (MA). L'allèle APOE-ε4 est le facteur de risque génétique le plus courant de la MA et du déclin cognitif. Cependant, tous les porteurs de l'APOE-ε4 ne développent pas nécessairement la MA, et comprendre les raisons de cette variation reste un défi.
Les variations ethniques au niveau du locus APOE contribuent au risque de MA, et l’analyse des haplotypes aide à démêler cette complexité. En évaluant les profils de fréquence des SNP, les chercheurs peuvent identifier des haplotypes spécifiques à certaines populations qui sont associés à la MA. Pour ces raisons, le génotypage de l’APOE revêt une importance particulière pour la pharmacogénomique et en tant que critère d’inclusion dans diverses études cliniques. Cela nécessite le développement d’un test sensible et robuste permettant d’identifier le SNP de l’APOE.
Solution
Un test TaqMan utilisant des sondes fluorescentes distinctes pour chacune des variations mononucléotidiques permet de distinguer les génotypes homozygotes des génotypes hétérozygotes. Pour l’APOE, deux tests étaient nécessaires pour les deux SNP rs429358 et rs7412 afin d’identifier les six variantes génotypiques possibles. Le test a été optimisé afin de déterminer la quantité minimale d’ADN génomique nécessaire à l’identification sans ambiguïté des 6 génotypes des SNP. Des contrôles positifs reflétant les six génotypes possibles ont également été identifiés et utilisés lors de chaque test. Un test robuste a été mis au point, pouvant être utilisé lors du dépistage pour la sélection et l’exclusion de participants à des essais cliniques.
Résultat
Un test sensible permettant l’identification sans ambiguïté du génotype APOE a été utilisé de manière fiable lors du dépistage des participants recrutés, afin d’évaluer s’ils présentaient le génotype requis pour participer à l’étude. Un test TaqMan a permis une identification rapide et reproductible du génotype, ce qui a permis à l’équipe de recherche de recruter les participants pour l’essai clinique. Ces évaluations font de la pharmacogénomique une partie intégrante du développement et de la découverte de médicaments. Les variations de la composition génétique expliquent les différences d’efficacité des médicaments et l’apparition d’effets indésirables. Bien que la pharmacogénomique en soit encore à ses débuts, elle offre d’énormes possibilités pour le développement de traitements personnalisés destinés à des problèmes de santé très répandus tels que les maladies neurodégénératives, les maladies cardiovasculaires, le VIH, le cancer et l’asthme. En identifiant les polymorphismes qui déterminent la susceptibilité et en adaptant les schémas posologiques, la pharmacogénomique contribue à la sécurité et à l'efficacité des médicaments tout au long de leur recherche et de leur développement.
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