Deze minuscule variaties betreffen de vervanging van één enkele DNA-bouwsteen (nucleotide). Hoewel de meeste SNP's geen directe invloed hebben op de gezondheid, zijn sommige cruciaal voor het voorspellen van de reactie op geneesmiddelen, de gevoeligheid voor omgevingsfactoren en de beoordeling van het ziekterisico.
Apolipoproteïne E (Apo-E) is een eiwit dat cruciaal is voor het vetmetabolisme, en APOE-SNP-analyse is van cruciaal belang vanwege de centrale rol die het speelt bij het risico op de ziekte van Alzheimer (AD). Het APOE ε4-allel is de meest voorkomende genetische risicofactor voor AD en cognitieve achteruitgang. Niet alle dragers van APOE ε4 ontwikkelen echter AD, en het blijft een uitdaging om te begrijpen waarom.
Etnische variaties in de APOE-locus dragen bij aan het risico op AD, en haplotype-analyse helpt deze complexiteit te ontrafelen. Door SNP-frequentieprofielen te beoordelen, kunnen onderzoekers populatiespecifieke haplotypes identificeren die geassocieerd zijn met AD. Om deze redenen is APOE-genotypering van belang voor de farmacogenomica en als inclusiecriterium in diverse klinische onderzoeken. Dit vereist de ontwikkeling van een gevoelige en robuuste test om de APOE-SNP te identificeren.
Oplossing
Een TaqMan-test met afzonderlijke fluorescerende sondes voor elk van de enkelvoudige nucleotidevariaties maakt het mogelijk om homozygote of heterozygote genotypen te onderscheiden. Voor APOE waren voor de twee SNP’s rs429358 en rs7412 twee tests nodig om de zes mogelijke SNP-genotypevariaties te identificeren. De test werd geoptimaliseerd om de minimale hoeveelheid genomisch DNA te bepalen die nodig is voor een eenduidige identificatie van de 6 SNP-genotypes. Er werden ook positieve controles geïdentificeerd die de 6 mogelijke genotypes weerspiegelen, en deze werden bij elke test gebruikt. Er werd een robuuste test ontwikkeld voor gebruik bij de screening voor het selecteren en uitsluiten van proefpersonen voor klinische proeven.
Resultaat
Een gevoelige test voor het onderscheidend identificeren van het APOE-genotype werd op betrouwbare wijze gebruikt voor het screenen van gerekruteerde proefpersonen om te beoordelen of zij voldoen aan het genotype dat van belang is om deel uit te maken van het onderzoek. Een TaqMan-test maakte een snelle en reproduceerbare identificatie van het genotype mogelijk, zodat het onderzoeksteam de proefpersonen voor de klinische studie kon werven. Deze beoordelingen maken farmacogenomica tot een integraal onderdeel van de ontwikkeling en ontdekking van geneesmiddelen. Variaties in de genetische samenstelling verklaren verschillen in de effectiviteit van medicatie en het optreden van bijwerkingen. Hoewel farmacogenomica zich nog in een vroeg stadium bevindt, biedt het enorme mogelijkheden voor de ontwikkeling van gepersonaliseerde therapieën voor wijdverspreide gezondheidsproblemen zoals neurodegeneratieve aandoeningen, hart- en vaatziekten, HIV, kanker en astma. Door het identificeren van polymorfismen die vatbaarheid bepalen en het aanpassen van doseringsschema’s draagt farmacogenomica bij aan de veiligheid en werkzaamheid van geneesmiddelen tijdens het onderzoek en de ontwikkeling ervan.
Geregistreerd en gecontroleerd door diverse regelgevende instanties
Praat met onze wetenschapper over uw genoomvariatieanalyse – TaqMan-analyse van enkelvoudige nucleotidepolymorfismen (SNP's)
Gerelateerde artikelen
MSD-hybridisatie, ELISA, PK-immunoassayontwikkeling, GLP-validatie en oligonucleotideanalyse
TaqMan-genexpressietest, ontwikkeling van een test voor variatie in het aantal kopieën, nGLP-validatie en monsteranalyse
LC-MS-bioanalyse van antisense-oligonucleotiden (ASO) met behulp van massaspectrometrie en ionenpaarchromatografie
LC-MS-analyse van epigallocatechinegallaat (EGCG) in VcEDTA-menselijk serum
LC-MS-methode voor het bepalen van het aminozuur proline en hydroxyproline in muizenweefsels
LC-MS-methode voor de analyse van DNA-adducten in celgebaseerde in-vitro-monsters
LC-MS-methode voor medicijnafgiftesystemen met everolimus-afgevende coronaire stents
Massaspectrometrie van aminozuren, kwantitatieve LC-MS-aminozuuranalyse
Ontwikkeling van een LC-MS-methode en GLP-validatie voor de analyse van PK-plasmamonsters
Test voor heranalyse van verzamelde monsters (ISR), FDA-vereisten en evaluatie van het onderzoek
Bemonstering van gedroogde bloedvlekken (DBS), verzameling van DBS en analyse van DBS
Uw partner op het gebied van kwaliteit, veiligheid en naleving
De life sciences-sector vereist gespecialiseerde kennis en betrouwbare ondersteuning. Met onze brede expertise helpen wij organisaties om te voldoen aan wet- en regelgeving, kwaliteit te waarborgen en met vertrouwen te blijven innoveren.